Bangladeshis asuv zoonootiline muda vahutav viirus peegeldab erinevaid ülekande- ja kaasinfektsioonimustreid

Täielik artikkel Arvud ja andmed Viited Tsitaadid Mõõdikud Litsentseerimine Kordustrükid ja load PDF KokkuvõteSimian foamy viirused (SFV-d) on ahvilistes üldlevinud. Nagu kõigi retroviiruste puhul, põhjustab SFV pöördtranskriptsioon rekombinatsiooni ja mutatsiooni. Kuna on tõestatud, et SFV -ga on nakatunud rohkem inimesi kui ühegi teise sugulisel teel leviva viirusega, on SFV potentsiaalselt võimas mudel viiruste viroloogia ja epidemioloogia uurimiseks inimese/NHP liideses. Aasias levib SFV inimestele tõenäoliselt makaakide hammustuste ja igapäevaelu kontekstis tekkivate kriimustuste kaudu. Analüüsime nii inimeste kui ka makaakide SFV gag -geeni mitmeid proviraalseid järjestusi, et iseloomustada retroviiruse levikut inimese/NHP liideses Bangladeshis. Siin esitame tõendeid selle kohta, et inimesi võib samaaegselt nakatada mitme SFV tüvega, mõned inimesed on nakatunud nii autohtoonset SFV tüve kui ka SFV -ga sarnast tüve, mis leiti teise geograafilise piirkonna makaakidest. Need andmed koos eelnevate tulemustega viitavad sellele, et nii inimeste poolt hõlbustatud makaakide liikumine, mis viib SFV mitteresidentide tüvede kasutuselevõtmiseni, kui ka retroviiruste rekombinatsioon makaakidel aitavad kaasa SFV mitmekesisusele inimeste seas Bangladeshis. Märksõnad: Bangladeshi arenevad nakkushaigused retroviiruse rekombinatsioonid Vahused viirused (FV) on retroviiruste alamperekond, mis on laialt levinud selgroogsete peremeesorganismides, sealhulgas ahvilistel, kassidel, lehmadel ja hobustel. 1 Meiering CD, Linial ML. Vahuse viiruse epidemioloogia ja nakkuse ajalooline perspektiiv. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165–176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV-d on iidsed eksogeensed viirused, mida edastatakse peremeesorganismide vahel tõhusalt, kuid mis teadaolevalt haigusi ei põhjusta.2Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al. vahused viirused ja primaadid. Nature2005; 434: 376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Kuigi ahvilistel (NHP-d) on peaaegu kõikjal levinud, ei ole samasugune vahuviirus (SFV) Homo sapiens'is endeemiline. Inimeste zoonootilist nakatumist SFV-ga on varem avastatud mitmetes riikides ja liikidevaheliste kontaktide erinevates kontekstides, sealhulgas NHP labori- ja loomaaiatöötajad Põhja-Ameerikas, ahvitempli töötajad, lemmikloomade omanikud ja vabalt levivate makaakide ümbruses elavad inimesed Lõuna- ja Kagu-Euroopas Aasia ja põõsasliha jahimehed Kesk-Aafrikas. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 ja simian vahutavad retroviirused inimestel: avastamine, epidemioloogia, liikidevaheline levik ja molekulaarne viroloogia. Viroloogia2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] Praeguseks on SFP ülekandumine NHP-lt inimesele dokumenteeritud> 100 inimesel, mis on tunduvalt rohkem kui teiste teadaolevate NHP-ga levivate retroviiruste: simiani immuunpuudulikkuse viirus. , ahvi retroviirus D või ahvi T-raku lümfotroofiline viirus.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 ja ahvide vahused retroviirused inimestel: avastus, epidemioloogia, liikidevaheline ülekanne ja molekulaarne viroloogia . Viroloogia2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. Laboritöötaja nakatumine simiani immuunpuudulikkuse viirusega. N Engl J Med1994; 330: 172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Swiss WM, Yee JLet al. Tõendid nakatumise kohta D -tüüpi retroviirusega isikutel, kes on ametlikult kokku puutunud ahvilistega. J Virol2001; 75: 1783–1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. Sagedane samast vahutav viirusinfektsioon isikutel, kes on ametlikult kokku puutunud ahvilistega. J Virol2004; 78: 2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar],7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.Kesk-Aafrika jahimehed, kes puutusid kokku ahvi immuunpuudulikkuse viirusega. Emerg Infect Dis2005; 11: 1928–1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Arvestades SFV suurt levikut NHP -s ning inimeste ja NHP vahelise liidese mitmekesisust ja ulatust, võib hinnanguliselt nakatunud isikute arv kogu maailmas ulatuda kümneteni 8. Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al. Riski hindamine: mudel, mis ennustab sarnase vahuse viiruse levikut makaakidest liikide vahel (M. fascicularis) inimestele ahvitemplis Balil, Indoneesias. Am J Primatol2006; 68: 934–948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel Kongo Demokraatlikust Vabariigist pärit naiste mitmete ahviliikide vahtviirusinfektsioonid. Retroviroloogia 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Lisaks näitavad vähesed pikisuunalised uuringud SFV -ga nakatunud inimeste kohta, et SFV -d ei edastata ühelt inimeselt teisele. 10Boneva RS, Swiss WM, Spira TJet al. vahused viirused. AIDS Res Hum Retroviruses2007; 23: 1330–1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Sellisena võib SFV zoonootilist ülekannet mõjutavate tegurite iseloomustamine pakkuda parimat kaasaegset mudelit, kuidas mõista, kuidas ja miks mõned NHP viirused on võimelised põhjustama püsivaid inim- ja -inimne ülekanne. Meie rühm on viimase 6 aasta jooksul uurinud inimeste ja NHP vahelist liidest Bangladeshis, keskendudes nakkusetekitajate liikidevahelisele levikule. 11 Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Pikornaviiruse maastiku iseloomustamine sünantroopsete ahviliste seas Bangladeshis, 2007–2008. J Virol2013; 87: 558–571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Looduslikult omandatud pikornaviiruse nakkused ahvilistel Dhaka loomaaias. J Virol2013; 87: 572–580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. Gripiviiruse infektsioon ahvilistel. Emerg Infect Dis2012; 18: 1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Bangladesh on üks maailma kõige tihedamini asustatud riike, kus paljud linnapiirkonnad asuvad NHP elupaikades või nende läheduses. Mitmed NHP taksonid on pärit Bangladeshist, kusjuures reesusmakaak (Macaca mulatta) on kõige arvukam ja laialdasemalt levinud. suurus ja koostis. Primate Conserv2013; 26: 115–124. [Crossref], [Google Scholar] Kuna metsaelupaikade kahanemine jätkub, kasvab väike, ökoloogiliselt paindlik reesus inimese poolt muudetud elupaikades, eriti piirkondades, kus kultuurilised hoiakud soodustavad nende taluvust.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics reesusmakaakide ja sellega seotud vahutava viirusega Bangladeshis. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Kuigi inimeste ja reesusmakaakide vaheline kontakt toimub peamiselt kogukondades, kus makaakid on vabapidamisel, esineb seda ka religioossetes pühapaikades, mis on muutunud makaakide varjupaikadeks ja makaakide lemmikloomade omamise kaudu. Lisaks on rändrahvas, keda tuntakse erinevalt Bade või Qalandari nime all, sajandeid piirkonnas ringi rännanud, elatise saamiseks lavastades etendusi koos treenitud makaakidega. Erinevalt Aafrikast on ahvide jaht põõsaslihale Bangladeshis haruldane, piirdudes põlisrahvastega Myanmariga piirnevatel Chittagong Hill Tractesi aladel.16 Chowdhury MSH, Halim M, Miah Met al. Mro hõim Bangladeshis Chittagongi mäerajal. Int J Biodiversity Sci Manage2007; 3: 56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Arvatakse, et SFP ülekandumine inimeselt inimesele toimub kõige sagedamini hammustuste kaudu. SFV kordub aktiivselt nakatunud ahvide suu limaskestadel, saavutades kõrge kontsentratsiooni süljes, kus genoomseid ja mRNA-sid saab hõlpsasti tuvastada. indutseeritud immunosupressioon. J Virol2006; 80: 663–670. [Crossref], [Google Scholar] Siiski on suhteliselt vähe teada, kuidas peremees- või viiruseomadused mõjutavad SFV levikut. Isegi rasked hammustused ei põhjusta usaldusväärselt nakatumist. Retroviroloogia 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Seevastu mõned inimesed, kellel on dokumenteeritud nakkus, ei mäleta märkimisväärset kokkupuudet NHP või NHP kudedega. Muud olulised küsimused zoonootilise SFV ülekande ja nakatumise kohta on lahendamata. Näiteks kui mõnedel SFV -ga nakatunud inimestel avastatakse proviraalset DNA -d aastakümnete jooksul; teistel isikutel tekivad SFV-le antikehad ilma tuvastatava proviraalse DNA-ga. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 ja sarnased vahused retroviirused inimestel: avastamine, epidemioloogia, liikidevaheline ülekanne ja molekulaarne viroloogia. Viroloogia2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] Tuleb veel avastada, kas mõned inimesed kõrvaldavad nakkuse või on teatud viirusetüved püsivamad. Vaja on täiendavaid uuringuid, et teha kindlaks, kas analoogselt SIV/HIV -ga, kus retroviirusetüvede rekombinatsioon uudsel peremehel oli pandeemiliste viiruste arengu eelkäija, on tõendeid selle kohta, et SFV -d rekombineeruvad inimese peremeesorganismides. On tehtud vähe uuringuid, et teha kindlaks, kas SFV kontsentratsioon süljes mõjutab zoonootilist ülekannet või mitte, või kuidas inimese immuunvastus hõlbustab või hoiab ära nakkuse või püsiva vireemia (Soliven et al. ja Matsen jt, avaldamata). Ja kuigi teistes geograafilistes piirkondades ja muudes inimeste ja makaakide vaheliste kontaktide kontekstides kogutud andmed on andnud ülevaate sellest, kuidas demograafilised muutujad ning makaak ja inimeste käitumine aitavad kaasa makaaki-inimese agressiooni tõenäosusele, on suhteliselt vähe teada, kuidas need muutujad mõjutavad retroviirust 18. Fuentes A, Gamerl S. Vanuse/sooklasside ebaproportsionaalne osalemine agressiivses suhtluses pika sabaga makaakide (Macaca fascicularis) ja inimturistide vahel Padangtegali ahvimetsas, Bali, Indoneesia. Am J Primatol2005;66:197–204. [Crossref], [Google Scholar]Siin esitame andmed, mis kirjeldavad inimeste kokkupuudet reesusmakaakidega ja SFV-ga nakatumist mitmes Bangladeshis asuvas kohas ja ahviomanike juures. Enamik teisi uuringuid on keskendunud pol -geeni piirkonnale (integraas), mis on väga konserveerunud ja seega ei pruugi paljastada liigi nakatunud isikutel leitud SFV variatsioone. Oleme saanud täisverest mitu klooni ja sekveneerinud osa SFV gag -geenist, mis on valitud üle pol, et paljastada suurem SFV geneetiline variatsioon, ja kasutasime järjestuse andmeid inimestel leitud viiruse võrdlemiseks makaakidel, millega nad suhtlevad . Näitame, et inimesi võivad samaaegselt nakatada mitmed SFV tüved; mõned isikud on nakatunud nii autohtoonsesse (päritolukohast) SFV -tüve kui ka teiste geograafiliste piirkondade makaakides leiduva SFV -ga sarnase tüvega. Vanuse suurenemine oli oluline riskitegur SFV zoonootilisele ülekandele inimestel. Naissugu ja hinduistlik religioon võivad olla seotud ka suurenenud riskiga. Need andmed koos meie varasemate tulemustega Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] viitavad sellele, et inimeste poolt hõlbustatud makaakide liikumine, mitmed SFV-nakkused ja retroviiruste rekombinatsioon aitavad Bangladeshis kaasa retroviiruste mitmekesisusele. MATERJALID JA MEETODID Uuringukohad ja -populatsioonid saidid (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj ja Charmaguria), samuti 209 rändgruppi kuuluvat ahvide omanikku, kes lavastavad oma koolitatud makaakide etendusi. Kogukonna saidid asutati 2007. aastal kohtades, kus makaagid levivad vabalt ja kus elanikud olid valmis osalema nakkusetekitajate liikidevahelise leviku pikisuunalises uurimistöös. Proovisime ahvide omanikke oportunistlikult, kui kohtasime neid teel meie kogukonna uurimiskohtadesse või sealt tagasi. Meie kaasusuuringus on esitatud Bangladeshi ahvide SFV mitmekesisuse analüüs. 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Bangladeshi reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Selle uuringu andmed moodustavad samuti osa käesolevas uuringus uuritud makaakide SFV andmestikust. Siin esitame sellesse uuringusse kaasatud põldude (joonis 1) lühikirjelduse. Bangladeshis levinud zoonootiline simani vahuviirus peegeldab erinevaid ülekande- ja kaasinfektsioonimustreid Kõik autorid Gregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial ja Lisa Jones-Engel Inimest küsitleti ja võeti proovid viies linnaosas kogu Bangladeshis, kus reesusmakaakid olid vabalt levivad. Hiljuti oleme näidanud, et kõigis nendes kohtades võib makaakides tuvastada SFV tuuma (tüvesid). 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika Bangladeshis. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Reesuse SFV põhitüved on sellel kaardil värvikoodiga. Inimestel (tähistatud tähega „BGH”), kes leiti olevat nakatunud SFV -ga, saime täisverest mitu klooni ja sekveneerisime osa SFV gag -geenist. Järjestuse andmeid kasutati inimestel leitud viiruse võrdlemiseks selle saidi makaakides leiduva viirusega. Iga BGH identifikaatori kõrval oleva ringi (ringide) värv tähistab nendel inimestel tuvastatud SFV tüve. Pange tähele, et neli katsealust olid samaaegselt nakatunud mitme SFV tüvega ja et mõned isikud on nakatunud nii autohtoonse (leidmiskohast pärit) SFV tüvega kui ka SFV-ga sarnase tüvega, mida leidub teistest geograafilistest piirkondadest pärit makaakidel. nks, teadmata allikas. Kuva täissuuruses Joonis 1 Proovide võtmise kohad ja zoonootiliselt nakatunud inimestel tuvastatud SFV tüvede mitmekesisus. Inimest küsitleti ja võeti proovid viies linnaosas kogu Bangladeshis, kus reesusmakaakid olid vabalt levivad. Hiljuti oleme näidanud, et kõigis nendes kohtades võib makaakides tuvastada SFV tuuma (tüvesid). 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika Bangladeshis. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Reesuse SFV põhitüved on sellel kaardil värvikoodiga. Inimestel (tähistatud tähega „BGH”), kes leiti olevat nakatunud SFV -ga, saime täisverest mitu klooni ja sekveneerisime osa SFV gag -geenist. Järjestuse andmeid kasutati inimestel leitud viiruse võrdlemiseks selle saidi makaakides leiduva viirusega. Iga BGH identifikaatori kõrval oleva ringi (ringide) värv tähistab nendel inimestel tuvastatud SFV tüve. Pange tähele, et neli katsealust olid samaaegselt nakatunud mitme SFV tüvega ja et mõned isikud on nakatunud nii autohtoonse (leidmiskohast pärit) SFV tüvega kui ka SFV-ga sarnase tüvega, mida leidub teistest geograafilistest piirkondadest pärit makaakidel. Sylhet asub riigi kirdeosas, 35 km kaugusel India Assami provintsi piirist, Bangladeshi suuruselt kolmas linn. Linna keskel Shah Jalali pühamu juures on umbes 125 makaaki populatsioon. Sylhet'i makaakid ulatuvad üle pühamu ja vahetult külgnevasse naabruskonda. Pühamu töötajad pakuvad regulaarselt Shah Jalali makaake ja nad saavad sageli pühamu külastajatelt toitu. Uuringus osales 50 inimest, kes elavad pühamu lähedal. BormiDhakast umbes 200 km põhja pool asuvas Bormi linnas levib kogu külas rohkem kui XNUMX reesusmakaaki, mis liiguvad vabalt hindu ja moslemi piirkondade vahel, sisenedes sageli kodudesse otsides. toidust. Kuigi mõned Bormi elanikud pakuvad aeg -ajalt makaakidele toitu, pole organiseeritud toitlustamist. Selles uuringus osales kokku 105 inimest Bormist.DhamraiDhamrai linn asub Bormist 40 km edelas. Dhamrai kaudu levib vabalt ligikaudu 75–100 makaaki. Makaakid eelistavad suure varju ja viljapuudega piirkondi, mida leidub sagedamini hindude linnaosades. Nagu Bormis, ei korraldata makaakide organiseeritud varustamist. Sellesse andmekogusse kaasati üheksa Dhamrai uuritavat. Narayanganj Reesusmakaakide populatsioon väheneb selles piirkonnas jätkuvalt, kuna linnaarendus tõrjub haljasalad välja. Hinnanguliselt 60 makaaki selles linnas ei ole varustatud ega ole inimestega hästi harjunud. Uuringus osales kolmkümmend kuus inimest, kes olid pärit Narayanganjist. Charmaguuria Selle piirkonna> 200 makaaki varustab kohalik organisatsioon keskses kohas ning selle väikelinna rikkalikud haljasalad pakuvad looduslikke koridore, mida mööda loomad laialt levivad. Uuringus osales nelikümmend viis Charmaguriast pärit inimest. Töölevõtmine, teadlik nõusolek ja proovivõtuprotokollid, sealhulgas SFV-positiivsete isikute järelkontroll, on heaks kiidetud Washingtoni ülikooli inimsubjektide hindamiskomisjonis (23055) ja analoogilises ülevaatusnõukogus Jahangirnagari ülikool, Bangladesh. Inimeste bioloogilised ja demograafilised andmed kodeeriti unikaalsete anonüümsete identifikaatoritega, mis algasid sõnaga „BanGladesh Human” (BGH). Igal kogukonna saidil alustasid Bangladeshi meeskonnaliikmed kontakti naabruskonna juhtidega ja tuvastasid andmete kogumiseks keskse asukoha makaakide levialas. Seejärel tegid Bangladeshi meeskonnaliikmed koostööd kogukonna elanikega ja kihutasid jalgsi, paludes osaleda inimestel, kes tuvastasid, et neid on hammustanud või vigastanud makaakid. Katsealuste kaasamise kriteeriumid hõlmasid vanust üle 18, enda teatatud kokkupuudet NHP-ga ja/või pikaajalist (>20 aastat) elamist külas. Kõigilt katsealustelt saadi kirjalik teadlik nõusolek. Demograafilised andmed ja NHP kokkupuudet kirjeldavad andmed saadi küsimustiku kaudu, mida haldas meeskonna liige kohalikus bengali keeles. Iga katsealuse antecubital veenist koguti kümme milliliitrit täis verd etüleendiamiin -tetraäädikhapet sisaldavasse tuubi, hoiti jääl kuni 12 tundi, seejärel tsentrifuugiti. Täisvere ja plasma alikvoote hoiti kuni analüüsini temperatuuril -80 ° C. Põse limaskesta proovide saamiseks kasutati steriilseid Whatmani tampoone (Whatman, Piscataway, NJ, USA). Tampoonid pandi kohe 500 µL Qiagen Buffer RLT -sse (Qiagen, Valencia, CA, USA) kuni 12 tunniks jääle jahutatult, enne kui neid analüüsini külmutati -80 ° C juures. Need meetodid on sisuliselt identsed nendega, mida kasutasime makaakidest saadud bioloogiliste proovide hankimiseks ja säilitamiseks. 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet et al. Reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika Bangladeshis. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Korduv proovide võtmine kinnitatud SFV -positiivsetelt inimestelt . SFV-positiivsete isikute järelproovide võtmise bioloogiliste proovide kogumise protokollid olid samad, mida kasutati esialgse proovivõtmise ajal. Lisaks tehti SFV-positiivsetele isikutele lühike füüsiline läbivaatus ja koguti põhjalik haiguslugu.Reesusmakaakide proovide võtmineOur kaaskäsikiri selle projekti jaoks15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of Rhesus macaques and related foamy virus in Bangladesh. Eerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] pakub kõiki loomade proovide võtmise ja laboriprotokolle. Käesolevasse uuringusse on kaasatud kokku 184 reesusmakaagi SFV gag järjestused (joonis 2). Kaasame sellesse andmekogumisse ka neljast reesusest, kaks Dhamraist ja kaks Bormist, saadud järjestused, mida saime kaks aastat pärast nende esialgset proovivõtmist uuesti teha. Bangladeshis levinud zoonootiline simani vahuviirus peegeldab erinevaid ülekande- ja kaasinfektsioonimustreid Kõik autorid Gregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial ja Lisa Jones-Engel Iga ahvi puhul on näidatud (A) ahvide proovipopulatsioonile vastav värviriba ja (B) näidatud värvilised plaadid, mis vastavad selle ahvi vereproovis täheldatud tüvedele. Tuumavabad tüved on märgistatud vastavalt vanemate tüvedega loodud rekombinantsetele suhetele. CBrotheri analüüsis on positiivsed vaste määratletud vähemalt 90% tõenäosusega 200 või enama külgneva aluspaari puhul. Genoomi piirkonnad, kus vähemalt 200 nt ei ületanud seda künnist ühtegi vanematüve, märgiti nks -ks (pole teada allikat). See on selle uuringu kaaspaberi joonise lihtsustatud versioon, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Bangladeshi reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika. Eerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], kuid ajakohastatud tüve klassifikatsioonidega. Kuva täissuurusesJoonis 2 Vere tüvete klassifikatsioon proovide võtmise populatsioonidest pärit ahvidele. Iga ahvi puhul on näidatud (A) ahvide proovipopulatsioonile vastav värviriba ja (B) näidatud värvilised plaadid, mis vastavad selle ahvi vereproovis täheldatud tüvedele. Tuumavabad tüved on märgistatud vastavalt vanemate tüvedega loodud rekombinantsetele suhetele. CBrotheri analüüsis on positiivsed vaste määratletud vähemalt 90% tõenäosusega 200 või enama külgneva aluspaari puhul. Genoomi piirkonnad, kus vähemalt 200 nt ei ületanud seda künnist ühtegi vanematüve, märgiti nks -ks (pole teada allikat). See on selle uuringu kaaspaberi joonise lihtsustatud versioon, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Bangladeshi reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], kuid ajakohastatud tüve klassifikatsioonidega. SFV tuvastamine reesusradinoviiruse (RRV) kasv. Arch Virol2002;147:321–333. [Crossref], [Google Scholar] nakatus SFV M. mulatta või M. fascicularis või jäetud nakatumata. 48 tunni pärast lüüsiti rakud 1 × naatriumdodetsüülsulfaadi proovipuhvris (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% glütserool, 2% naatriumdodetsüülsulfaat, 5% 2-merkaptoetanool, 0.01% bromofenoolsinine) ja proovid elekter troforeeritud läbi 10% polüakrüülamiidi geelide. Pärast valkude ülekandmist polüvinülideendifluoriidmembraanidele (Millipore Billerica, MA, USA) blokeeriti membraanid fosfaatpuhverdatud soolalahuses + 0.05, 20% Tween-2, mis sisaldas XNUMX% rasvavaba kuiva piima, loputati veega ja jäeti kuivama. Valmistati ribad, millest igaüks sisaldas kolme rada (molekulmassi marker, nakatamata Telo-RF ja nakatunud Telo-RF rakulüsaadid) ning lisati primaarne antikeha (inimese plasma) 1–20 lahjendusega ja inkubeeriti üleöö temperatuuril 4 ° C. Ribasid pesti kolm korda fosfaatpuhverdatud soolalahuses + 0.05% Tween-20 enne sekundaarse kitse inimesevastase mädarõika peroksüdaasi lisamist (Thermo Scientific ja GE Healthcare Rochester, NY, USA) lahjenduses 1–5000 1 tund toatemperatuuril. . Ribasid pesti veel kolm korda enne veega loputamist ja 3,3',5,5'-tetrametüülbensidiiniga stabiliseeritud substraadi pealekandmist mädarõika peroksüdaasi jaoks (Promega Madision, WI, USA), et näha ribasid. Plasma BGH4-st, tuntud SFV-positiivne inimene Emerg Infect Dis2008; 14: 1200–1208. [Crossref], [Google Scholar] kasutati positiivse kontrollina.DNA isoleerimine täisverest Kogu genoomne DNA ekstraheeriti inimeste täisverest, kasutades QIAamp DNA vere minikomplekti (Qiagen) vastavalt tootja protokollile. Me ekstraheerisime DNA 200 µL täisverest. Puhastatud DNA elueeriti 200 µl puhver AE -s. Gag ja pol fragmentide PCR amplifikatsioon genoomsest DNA -st. Kokku 15 µl isoleeritud DNA -d kasutati gag või pol fragmentide PCR amplifikatsiooniks kahe vooru PCR abil. Esimese vooru PCR oli mitmekordne reaktsioon nii gag kui ka pol praimeritega (praimeri järjestus: G1 (+) (nt 114–134, võetud SFV1 GeneBank järjestusest NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 ′; G2 (-) (nt 1451–1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3 ′; P1 (+) (nt 5179–5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3 ′; P2 ( -) (nt 5768–5749) 5′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -3 ′. Reaktsioone denatureeriti 95 ° C juures 3 minutit, millele järgnes kaks tsüklit temperatuuril 95 ° C 30 sekundit, 38 ° C 1 minut, 72 ° C 1 minut, seejärel 25 tsüklit temperatuuril 95 ° C 30 sekundit , 52 ° C 1 minut ja 72 ° C 1 minut. Negatiivse kontrollina kasutati vett. Teise vooru PCR -i mallina kasutati 2 µL PCR produkti. Kas gag- või polpraimerid (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3′; G4 (−) (nt 1425–1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 ′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3 ′; P6 (-) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ′) kasutati üksikute fragmentide võimendamiseks. Reaktsioone denatureeriti 95 °C juures 3 minutit, millele järgnes 35 tsüklit 95 °C juures 30 sekundit, 52 °C juures 1 min ja 72 °C juures 1 min. PCR -toodete eeldatavad suurused gag ja pol jaoks on vastavalt 1235 bps ja 390 bps. Gag -fragmentide kloonimine ja sekveneerimine FV PCR -tooted puhastati geeliga, kasutades QIAquick geeli ekstraheerimise komplekti (Qiagen) vastavalt tootja protokollile. Puhastatud fragmendid ligeeriti TOPO-TA kloonimisvektorisse (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) ja transformeeriti Escherichia coli TOP10 pädevateks rakkudeks (Invitrogen). Iga gagiproovi jaoks valiti mitu üksikut kolooniat ning plasmiidi DNA puhastati ja sekveneeriti. Sekveneerimine viidi läbi, kasutades M13 päri- ja tagurpidi praimereid, samuti sisemisi päri- ja tagurpidi praimereid gag jaoks Washingtoni ülikooli genoomikakeskuse või GeneWiz Inc. poolt. (Seattle, WA, USA). Viirustüvesid tähistatakse väiketähtedega, et eristada neid geograafilistest kohtadest, kust võeti proovid inimestelt või makaakidelt (nt Dhamrai on uurimiskoht, kus tuvastati dhamrai südamiku tüvi.) RNA eraldamine põsetampoonidest (Qiagen) sulatati vahetult enne RNA ekstraheerimist temperatuuril 37 ° C 15 minutit, kasutades 40 Ü RNaseOUT ribonukleaasi inhibiitorit (Invitrogen) ja 1 U RNaasivaba DNaasi I (Promega). Kogu RNA ekstraheeriti vastavalt standardprotokollile, kasutades RNeasy Mini Kit (Qiagen). RNA-d töödeldi uuesti 40 U RNaseOUT ja 1 U RNaasivaba DNaas I-ga 37 ° C juures 1 tund. Seejärel inkubeeriti proove ensüümide inaktiveerimiseks temperatuuril 65 ° C 15 minutit. RNA-d säilitati järgnevaks kasutamiseks temperatuuril -20 ° C. Bukaalse tampooni RNART-PCR pöördtranskriptsiooni-PCR (RT-PCR) viidi läbi, et kloonida osalised gag-järjestused (1235 bp) bukaalse tampooni RNA-st. Esimese ahela cDNA sünteesiti, kasutades Thermoscript RT-PCR süsteemi (Invitrogen) vastavalt tootja protokollile, kasutades Oligo(dT)18 praimerit. RT reaktsioonid inaktiveeriti 85 °C juures 5 minutit. Saadud cDNA-sid kasutati kahe ümmarguse PCR mallina, nagu eespool kirjeldatud täisvere FV gag amplifikatsiooni jaoks. Analüüs Klasterdamismeetodid ja hüpermutatsioonianalüüs Selles uuringus uuritud järjestused näitasid tõendeid APOBEC3-vahendatud hüpermutatsiooni kohta. Selle tegevuse põhjalikku analüüsi on esitanud Matsen et al. (avaldamata). See analüüs andis hüpermutatsiooni negatiivse järjestuse joondamise, eemaldades hüpermutatsiooni kahtlusega veerud. Neid joondusi kasutati ülejäänud uuringu analüüside jaoks, et vältida hüpermutatsiooni ja ehtsa fülogeneetilise signaali segiajamist. Fülogeneetilised analüüsid Filogeneetiline puu ehitati oletatavalt hüpermutatsioonivabast joondusest, kasutades FastTree 2.1.7.21Hinna MN.DPAAP FastTree: kaugusmaatriksi asemel suurte minimaalsete evolutsioonipuude arvutamine profiilidega. Mol Biol Evol2009; 26: 1641–1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-ligikaudu maksimaalse tõenäosusega puud suurte joonduste jaoks. PLoS ONE2010;5:e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Seda puud visualiseeriti Archeopteryxi abil (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). Samast joondusest SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D. Fülogeneetiliste võrkude rakendamine evolutsiooniuuringutes. Mol Biol Evol2006; 23: 254–267. Split-võrgu loomiseks kasutati [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] .TüveanalüüsTüved tuvastati hüpermutatsiooni negatiivse joondamise läbimisel iteratiivse hiljutise klastrite algoritmi kaudu. Leiti, et UCLUST v1.124Edgar RC.Search ja klastrite ühekordne rakendus on suurem kui BLAST. Bioinformaatika 2010; 26: 2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] andsid algoritmi ahne olemuse tõttu halvad klastrite tulemused. Rakendati korduv uuestitöö algoritm, mille pakkus välja UCLUSTi autor aadressil http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, mis tegeles selle probleemiga hästi. Iga klastrite vooru jaoks lisati katkematu joonduse ülaossa eelmise vooru konsensusjärjestused, klastri suuruse järjekorras suurimast väikseimani. Selle iteratsiooni jaoks viidi klastrite koostamine läbi klastrite_smallmem abil, saades uued konsensusjärjestused ja klastrid. Seda protsessi korrati kaks korda. Klastrite määranguid viimistleti veelgi skriptiga, mis leidis iga klastri tegeliku tsentroidi, nagu on määratletud minimaalse keskmise normaliseeritud Hammingi kaugusega klastri kõigist teistest jadadest. Seejärel kontrolliti skripti, et veenduda, et iga jada on koondatud selle keskpunktiga, millele see oli kõige lähemal (uuesti, nagu on määratletud Hammingi normaliseeritud kauguse järgi), tehes vajadusel ümberpaigutusi. Seda iteratiivset algoritmi rakendati lävega 97.77%. See künnis, kuigi veidi kõrgem kui meie kaasusuuringus kasutatud, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Reesusmakaakide ja nendega seotud vahuse viiruse populatsiooni dünaamika Bangladeshis. Eerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] peegeldab paremini mõnevõrra väiksemat järjestuste mitmekesisust, mis tuleneb hüpermutatsioonikahtlusega veergude eemaldamisest. Nagu eespool mainitud, tähistatakse viirustüvesid väiketähtedega, et eristada neid geograafilistest kohtadest, kust võeti proovid inimestelt või makaakidelt (nt Dhamrai on uuringukoht, kus leiti peamiselt dhamrai tuum.) Statistilised meetodid Demograafiliste muutujate statistiline analüüs oli teostatud JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA) statistikatarkvara paketi abil; situatsioonitabelite analüüs viidi läbi funktsiooniga R fisher.test.25 R Core Team. R: statistiliste arvutite keel ja keskkond. Viin: R Foundation for Statistical Computing, 2012. [Google Scholar]TULEMUSEDDemograafilised andmed, sealhulgas kokkupuuted NHP-ga Viieaastase perioodi jooksul 5–2007 koguti bioloogilisi proove 2011 inimeselt.

Jäta sõnum 

Sõnumite nimekiri